馬其頓獨立抗爭博物館 - 共產主義政權犧牲者博物館(馬其頓語:Музеј на македонската борба за државност и самостојност - Музеј на ВМРО - Музеј на жртвите од комунистичкиот режим)是馬其頓共和國的一家國家博物館,位於馬其頓首都斯科普里。博物館建築於2008年6月11日開始動工,並在馬其頓獨立20周年的2011年9月8日對公眾開放。博物館位於考古學博物館、大屠殺紀念館、石橋、發達河之間。