马其顿独立抗争博物馆 - 共产主义政权牺牲者博物馆(马其顿语:Музеј на македонската борба за државност и самостојност - Музеј на ВМРО - Музеј на жртвите од комунистичкиот режим)是马其顿共和国的一家国家博物馆,位于马其顿首都斯科普里。博物馆建筑于2008年6月11日开始动工,并在马其顿独立20周年的2011年9月8日对公众开放。博物馆位于考古学博物馆、大屠杀纪念馆、石桥、发达河之间。