L'Institut Niels Bohr a été fondé en 1921, sous l'impulsion du physicien danois Niels Bohr, prix Nobel de physique en 1922. À l'occasion du 80e anniversaire de Niels Bohr, le 7 octobre 1965, l'institut, qui s'appelait alors Institut de physique théorique de l'université de Copenhague, prit officiellement le nom d'Institut Niels Bohr.