伯爾尼自然史博物館(德語:Naturhistorisches Museum Bern)是位於瑞士聯邦首都伯爾尼的一座自然史博物館,也是瑞士三座最重要的自然史博物館之一,其餘兩座是巴塞爾自然史博物館和日內瓦自然史博物館。該博物館在2016年參觀人數為131,000人,創下了新的記錄。伯爾尼自然史博物館最著名的藏品包括傳奇救援犬巴里、普朗根施托克山的巨型水晶以及大型猛獸捕獵者伯納德·馮·瓦滕維爾收藏的非洲動物標本。其歷史悠久的本地動物與非洲動物的立體透視模型展覽使該博物館在20世紀就聞名於世。該博物館也是一所研究機構,在教學和研究領域與伯爾尼大學有着密切合作,重點領域有隕石研究、古生物學、犬學、軟體動物學、爬蟲兩棲類學和蛛形動物學等等。