Krater Mizarai ist ein Einschlagkrater in Litauen, Gemeinde Druskininkai. Benannt ist er nach dem Dorf Mizarai, das sich im Zentrum des Kraters befindet. Der Krater wurde vom litauischen Geologen Gediminas Motuza Matuzevičius (* 1946) während einer seismischen Untersuchung gefunden. Er ist erodiert und von eiszeitlichen Ablagerungen bedeckt, deshalb ist er nicht sichtbar.